Il possente organo barocco fu costruito nel 1625 da Antonio Scudellino e da Giovanni Cipria. Il parapetto della cantoria è decorato con statue di santi.
Accanto, si ammira la cappella Miniscalchi, che spicca nella navata sinistra per la sua ricchezza: è dedicata allo Spirito Santo. L’altare del 1436 presenta una parte centrale leggermente concava, chiusa entro un arco marmoreo. Nel catino si ospita l’affresco della Pentecoste, dipinto nel 1509 dal Cavazzola e da Francesco Morone. Sull’altare è posta la pala della Pentecoste di Niccolò Giolfino, del 1519. Nella predella viene rappresentata la Predicazione di San Vincenzo Ferrer.
