Nella cappella maggiore la ridipintura ottocentesca della volta, fatta a imitazione dello stile trecentesco, si armonizza col Giudizio Universale affrescato sulla parete destra.
L’opera risale alla seconda metà del XIV secolo, ed è attribuita al cosiddetto “Secondo Maestro di San Zeno”. A sinistra, eccentrico monumento funerario del condottiero scaligero Cortesìa Serègo, realizzato dal toscano Pietro Niccolò Lamberti insieme al pittore Michele Giambòno tra il 1424 e il 1429. Questo manufatto fu realizzato negli stessi anni in cui un’altra coppia di artisti, Pisanello e lo scultore Nanni di Bartolo, si cimentavano sullo stesso soggetto nel Mausoleo Brenzoni, nella vicina Chiesa di San Fermo. L’altare è stato rimodernato nel 1952. Le vetrate dell’abside sono del 1935 e rappresentano, da sinistra: San Tommaso, Santa Caterina da Siena, San Pietro Martire, Santa Rosa da Lima e San Domenico. Davanti alla cappella maggiore si ammira la parte più bella del pavimento quattrocentesco: un rosone con sole al centro, simbolo dei domenicani.
