Sotto la trifora del transetto destro si ammira l’altare Centrègo, gioiello del Rinascimento, dedicato a San Tommaso D’Aquino.
Al centro di un interessante palinsesto architettonico è collocata la splendida pala di Girolamo dai Libri, databile tra il 1502 e il 1505. L’opera è ricca di rimandi alla lezione mantegnesca del Trittico di San Zeno, quali la posizione della Vergine che regge il Bambino con il palmo della mano sinistra sotto il piedino, e il festone di frutta sopra il trono, nonché l’ambizione di collegare lo spazio dipinto in cui si svolge la Sacra Conversazione con la bellissima cornice esterna. La Pala rappresenta la Madonna in trono, con Sant’Agostino, San Tommaso d’Aquino che regge in mano il modellino di una chiesa molto simile a Sant’Anastasia e, in primo piano di spalle, i busti dei coniugi donatori: Orsolina Cipolla e Cosimo Centrègo. Il preziosismo dell’opera si amplifica nelle finte specchiature marmoree ai lati, mentre, sul registro superiore, la vegetazione dipinta richiama quella scolpita sulla cappella.
